Η μονή, λόγω της άμεσης σύνδεσής της με το Πατριαρχείο, θεωρούνταν απαραβίαστη από οποιονδήποτε και ήταν απαλλαγμένη από αρκετές φορολογίες. Τα προνόμια αυτά συνέβαλαν στο να γίνει η μονή η πιο γνωστή και πλούσια της παρολύμπιας περιοχής.
Με την κατάληψη της Θεσσαλίας το 1420 από τους τούρκους, η μονή δοκιμάστηκε πολύ σκληρά. Οι διάφορες διώξεις, βιαιοπραγίες και περιορισμοί, λειτούργησαν ως ένας άλλος Γολγοθάς για τους μοναχούς έως την απελευθέρωση το 1912. Σε όλα αυτά προστέθηκε και ένας ισχυρός σεισμός στα μέσα του 16ουαιώνα, ο οποίος γκρέμισε ένα μεγάλο τμήμα του ναού και του περιβόλου. Οι περιπέτειες συνεχίστηκαν και τον 18ο αιώνα, την εποχή δηλαδή που η Ελασσόνα έγινε ιδιοκτησία της σουλτανομήτορας και ο βοεβόδας μετέφερε την έδρα του μέσα στους χώρους της μονής.
Όμως υπήρξαν και ευχάριστες στιγμές, με σημαντικότερη την επίσκεψη στην περιοχή της Ελασσόνας, το 1765, του Κοσμά του Αιτωλού ο οποίος με τον απλό και σοφό λόγο του τόνωσε το εθνικό και θρησκευτικό αίσθημα των κατοίκων.
Όσον αφορά τα γεγονότα που είχαν να κάνουν με την προετοιμασία και τη διεξαγωγή του εθνικού αγώνα του 1821, η μονή δεν μπόρεσε να παίξει μεγάλο ρόλο επειδή η έδρα των τούρκικων στρατιωτικών αρχών ήταν πλησίον της μονής.
