Με βάση τα αρχιτεκτονικά στοιχεία του ναού, η ανέγερση του Καθολικού ανάγεται στα τέλη του 13ου αιώνα, δηλαδή την εποχή που βασίλευε ο βυζαντινός αυτοκράτορας Ανδρόνικος Β' ο Παλαιολόγος (1282-1328). Ο γνωστός ιστορικός Αρβανιτόπουλος υποστήριξε ότι στον ίδιο χώρο υπήρχε αρχαίος ναός και ότι μάρμαρά του χρησιμοποιήθηκαν για το κτίσιμο της μονής. Ο αρχιτεκτονικός τύπος της μονής είναι ο «μονόκλιτος τρουλλαίος ναός με περίστωο». Οι ειδικοί υποστηρίζουν ότι ο ναός στηρίζεται πάνω στο βράχο χωρίς να έχει θεμέλια.
Το Καθολικό της Ιεράς Μονής
Το Καθολικό χωρίζεται σε τρία μέρη, το Άγιο Βήμα, το κεντρικό τετράγωνο και το περίστωο σε σχήμα Π. Στο χώρο αυτό βρίσκονται τρεις μαρμάρινοι κίονες προερχόμενοι από αρχαία κτίσματα.
Ο ηγούμενος Διονύσιος κατασκεύασε το 1736 μικρό παρεκκλήσι προς τιμήν των Αγίων Πάντων το οποίο λειτουργούσε ως κρυφό σχολειό, το οποίο όμως κατεδαφίστηκε το 1928.
Η μοναδική μεταβυζαντινή προσθήκη που διασώθηκε είναι το διώροφο κτίριο που κατασκευάστηκε το 1817. Το ισόγειό του έχει διαμορφωθεί σε παρεκκλήσι προς τιμήν του Αγίου Νεκταρίου, το οποίο χρησιμοποιείται και ως εξομολογητήριο.
